Η Ιωάννα Κουφάκη γεννήθηκε στην Αθήνα, είναι παντρεμένη και έχει ένα γιο φοιτητή στο Ιόνιο Πανεπιστήμιο. Σπούδασε στη Νομική Σχολή του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών (ΕΚΠΑ) και συνέχισε τις μεταπτυχιακές της σπουδές στο Πανεπιστήμιο του Hull (U.K) από όπου έλαβε Master in Laws (LL.M). Είναι Διδάκτωρ της Νομικής Σχολής του ΕΚΠΑ και η διατριβή της ως θέμα έχει τη σύγκρουση των αρχών της οικονομικής ανάπτυξης και της προστασίας του περιβάλλοντος.
Εργάστηκε στην Αθήνα ως δικηγόρος, ασκώντας ελεύθερο επάγγελμα από το 1993 έως το 2001. Τον Μάρτιο του 2001 έγινε μέλος του Ειδικού Επιστημονικού Προσωπικού της Ανεξάρτητης Αρχής « Ο Συνήγορος του Πολίτη», στον Kύκλο Ποιότητας Ζωής και μεταξύ των ετών 2012 και 2016 αποσπάσθηκε ως ειδικός νομικός σύμβουλος στο Τεχνικό Επιμελητήριο της Ελλάδας, όπου μεταξύ άλλων ήταν υπεύθυνη του Γραφείου Νομικής Υποστήριξης των Μηχανικών.
Από τον Δεκέμβριο του 2016 και μέχρι σήμερα υπηρετεί ως Σύμβουλος Μεταφορών στη Μόνιμη Ελληνική Αντιπροσωπεία της ΕΕ στις Βρυξέλλες και εκπροσωπεί το Υπουργείο Υποδομών και Μεταφορών κατά τη διαπραγμάτευση της νέας ενωσιακής νομοθεσίας.
Είναι συγγραφέας μεγάλου αριθμού επιστημονικών άρθρων που έχουν δημοσιευθεί στον ελληνικό και ευρωπαϊκό νομικό τύπο, με αντικείμενο το Δίκαιο της Ευρωπαϊκής Ένωσης, του περιβάλλοντος, της πολεοδομίας και της χωροταξίας. Από το 2008 είναι μέλος της συντακτικής επιτροπής του νομικού περιοδικού του Δικηγορικού Συλλόγου Αθηνών (ΔΣΑ) «Νομικό Βήμα» και είχε την επιμέλεια της δημοσίευσης των αποφάσεων του Δικαστηρίου της Ευρωπαϊκής Ένωσης (ΔΕΕ) μεταξύ των ετών 2008-2016.
Έχει διδάξει σε σειρά σεμιναρίων που διοργάνωσε ο ΔΣΑ με αντικείμενο το Δίκαιο Περιβάλλοντος, έχει επιμεληθεί σχετικές εκδόσεις του και έχει παρουσιάσει μεγάλο αριθμό εισηγήσεων σε συνέδρια και επιστημονικές ημερίδες στην Ελλάδα και στο εξωτερικό. Έχει διδάξει επίσης στην Εθνική Σχολή Δημόσιας Διοίκησης και στο Εθνικό Κέντρο Δημόσιας Διοίκησης το μάθημα Δίκαιο Περιβάλλοντος.
Από το έτος 2008 είναι μέλος του Διδακτικού προσωπικού της Εθνικής Σχολής Δικαστικών Λειτουργών στην οποία δίδαξε κατά τα έτη 2012, 2013 το μάθημα επίκαιρα θέματα δικαίoυ της Ένωσης (περιβάλλον, ανταγωνισμός, ενέργεια, κρατικές ενισχύσεις, εσωτερική αγορά) στους σπουδαστές της διοικητικής κατεύθυνσης. Aπό το έτος 2015 διδάσκει δίκαιο περιβάλλοντος στους σπουδαστές της πολιτικής και ποινικής κατεύθυνσης μέχρι σήμερα (2020).
Υπήρξε υπεύθυνη της Επιτροπής Περιβάλλοντος του ΔΣΑ από το 2008 έως το 2016 και με την ιδιότητά της αυτή χειρίστηκε εθελοντικά σειρά ζητημάτων που σχετίζονται, μεταξύ άλλων, με την προστασία του φυσικού περιβάλλοντος, όπως της Λίμνης Καϊάφα μετά τις πυρκαγιές του 2007, με την ελεύθερη πρόσβαση των πολιτών στις παραλίες, με τη δημιουργία του Μητροπολιτικού Πάρκου στο πρ. αεροδρόμιο του Ελληνικού και με τη διατήρηση των ελεύθερων χώρων στην Αττική.
Υπήρξε Πρόεδρος (εκλεγμένη) του επιστημονικού σωματείου «Ελληνική Εταιρεία Δικαίου του Περιβάλλοντος» (2010 – 2015) και Αντιπρόεδρος του Δ.Σ καθώς επίσης και μέλος του Εθνικού Συμβουλίου Χωροταξικού Σχεδιασμού και Αειφόρου Ανάπτυξης (2007-2009) και του Δ.Σ του Πράσινου Ταμείου (2013-2015), στο οποίο εκπροσώπησε την Ελληνική Εταιρεία Δικαίου του Περιβάλλοντος